Die Entstehung des Chores
In 1960 hieß der Hamburger Knabenchor St. Nikolai Knabenchor des Norddeutschen Rundfunks und gehörte zum NDR. Er wurde von Max Thurn und Horst Stellentin gegründet. Der Chor spielte unter anderem alle Bachkantaten ein.
In 1967 hatte sich der NDR vom Knabenchor aus wirtschaftlichen Gründen getrennt. Dadurch wurde der Knabenchor in Hamburger Knabenchor St. Nikolai umbenannt. Zusammen mit der Hamburger Gemeinde St. Nikolai wurde der Verein Hamburger Knabenchor e.V. neuer Träger des Chores.
In 1973 übernahm der Kantor Ekkehard Richter den Chor.
In 1991 gab Ekkehard Richter das Amt des Chorleiters ab. Es wurde eine neue Leitung gesucht. Die Wahl fiel auf Rosemarie Pritzkat. Mit dieser Entscheidung waren manche Sänger des Chores jedoch nicht einverstanden. Sie verließen den Chor und gründeten gemeinsam mit der bisherigen Stimmbildnerin Brigitte Siebenkittel einen neuen Knabenchor. Sie nannten ihn Neuer Knabenchor Hamburg. Träger wurden der Neue Knabenchor Hamburg e.V. und die Staatliche Jugendmusikschule Hamburg.
In 1993 konnte der Chor nach Problemen wegen zu wenigen Sängern den erster Erfolg beim Landeschorwettbewerb feiern. In 1998 ergatterten sie den zweiten Platz vom Bundeschorwettbewerb in Regensburg.
In 2003 verließ die bisherige Chorleiterin Frau Brigitte Sibenkitel den Knabenchor. An ihrer Stelle kam Ulrich Kaiser. Er war in seiner Jugend beim Dresdner Kreuzchor und Windsbacher Knabenchor aktiv. Bald erweiterte er den ganzen Chor auf drei Vorchöre und einen Hauptchor. Er vergrößerte die Zahl der Sänger der gesamten Chorschule.
In 2012 wechselte er den Chor und übernahm die Leitung vom MDR Kinderchor in Leipzig. An seine Stelle trat Jens Bauditz. Er ist auch ein Kruzianer.
In 2016 feierte der Chor das fünfundzwanzigjährige Bestehen. Ein Höhepunkt war das Jubiläumskonzert: Horizonte und die Veröffentlichung der CD A Festival of Nine Lessons and Carols.